Neo ve direnişçiler ile makineler arasındaki mücadele kıran kırana bir savaşa dönüşüyor. Gerçek dünya, Matrix’in makine askerleri tarafından istila edilirken, Zion’un da yaşanabilir bir yer haline getirilme çalışmaları paralel olarak yürütülmektedir.
Neo’nun tüm insanlığı, gerçek yaşama geri döndürüp döndüremeyeceği ve Matrix sisteminin tam anlamıyla durdurulup durdurulmayacağı nihayet finalde belli oluyor.
Üçüncü film aynı zamanda Reloaded’ın ortaya attığı soruların da cevabını ortaya koyacak ve bulmacanın cevaplarına kavuşucaz
