Mahpeyker, çocuk yaşında esir kafilesiyle İstanbul’a getirilip bir ailenin yanına evlâtlık olarak verilen genç kızın Osmanlı İmparatorluğu’nu yönetme gücünü elde edecek seviyeye tırmanışının hikâyesi.
Talihin kendisini Topkapı Sarayı’na sürükleyip Sultan 1. Ahmet’le karşılaştırdığı Emine, saray geleneklerine aykırı olmasına, padişahın annesi Handan Sultan ve Topkapı Sarayı Haremi’nin tek hakimi olan Büyük Valide Safiye Sultan’ın muhalefetine rağmen 1. Ahmet’in kararından vazgeçmemesi neticesi nikâhlanır ve Ahmet’in taktığı Mahpeyker adını alır. Safiye ve Handan sultanlar evlilikten duydukları hoşnutsuzluk nedeniye Mahpeyker’i ‘Saray adetlerine alışsın, yol yordam öğrensin’ gerekçesiyle padişahın yanından uzaklaştırır ilgisini kendi buldukları Mahfiruz’a yönlendirip Mahpeyker’i unutturmaya çalışırlar.
Ahmet’in ne zaman sorsa ‘Eğitimi devam ediyor’ cevabını aldığı süreçte Mahpeyker haremin iki güçlü kadının emriyle hırpalanır, ezilir ve Mahfiruz, Sultan Ahmet’in doğan ilk çocuklarının annesi olarak haremde itibar kazanır. Ümitsizliğe kapılan Mahpeyker’in talihi bir kez daha saraydan kaçmaya kalkışıp yakalandığı an tersine döner. Sultan Ahmet, Mahpeyker’le bir araya gelmesini büyükanne ve annesinin engellediğini öğrendikten sonra kendisine söylenenlere inanmakla hata yaptığını anlayıp ayrılmamak üzere Mahpeyker’le bir araya gelir...
Hanım Sultan mevkiine yükseldikten sonra Osmanlı Sarayı’nın gördüğü son büyük aşkı yaşayan Kösem Mahpeyker, 1. Ahmed’in 28 yaşında hastalanıp ölmesiyle Sultan Mustafa ve Genç Osman’ın kısa süreli saltanatları döneminde konumunu yitirse de, on yaşındaki oğlu 4. Murat’ın tahta çıkmasıyla onun ülke yönetim sorumluluğunu üstlenecek yaşa gelmesine kadar on yıl Saltanat Naibi olarak imparatorluğu yönetir. Sultan Ahmet’in son verdiği kardeş katli uygulamasını tekrardan başlatan 4. Murat’ın hayatta kalan tek şehzade İbrahim’i öldürtmesinin önüne geçmesiyle Osmanlı hanedanının son bulmasını engelleyen Mahpeyker Kösem bundan sonra geçmişte sahip olduğu büyük güç ve iktidarı yeniden elde etmek için, darbe, suikast dahil her yolu kullanarak mücadeleye girişecektir.
