Mia ve Ben Centopia’nın Kahramanı, ailesini kurtarmak için zorlu bir mücadele vermek zorunda kalan küçük bir kızın hikayesini konu ediyor. Mia, küçük sevimli bir kızdır. Yaklaşık bir yıl önce ailesi gizemli bir şekilde ortadan kaybolmuş ve o günden beri kimse onlardan bir haber alamamıştır. Ailesinin yokluğuna üzülen küçük kız, ailesinin ortaya çıkacağına olan umudunu yitirmez. Ailesine kavuşacağına inanan ve o günün gelmesini dört gözle bekler. Mia, bir gün dedesi ile birlikte Centopia Efsaneleri adlı bir kitabı bakarken, kitabın içinden küçük bir kağıt düşer. Kağıdı incelemeye başlayan küçük kız, kağıtta üç sihirli bir taşın varlığından bahsedildiğini görür. Yazılanlara göre bu sihirli taşa sahip olan kişi sonsuz bir güce kavuşacaktır. Mia, okudukları karşısında şok olur çünkü kağıtta bahsedilen taşlardan bir tanesi, babasının kendisine armağan ettiği taştır. Diğer iki taşın da anne ve babasında olduğunu düşünen Mia, onların gizemli kayboluşunun nedeninin bu taşlar olabileceğini fark eder. Küçük kız vakit kaybetmeden ailesini kurtarmak için Centopia’ya gider. Burada bilemediği bambaşka bir dünya ile karşılaşan Mia, ailesini kurtarmak için Toxor adında kötü niyetli bir kurbağa ile savaşmak zorunda kalır.
