Yaşadıkları hayvanat bahçesinde kendi düzenlerini kurmuş dört arkadaş hayatlarını mutlu günlerle geçirmektedirler. Aslan kral Alex, zebra Marty, zürafa Melman ve suaygırı Gloria kendi ormanlarını şehrin ortasında kurmuşlardır.
Normal seyreden hayatları içlerinden birinin mecara arayışları yüzünden değişir. Zebra Marty merak ettiği dış dünyayı keşfetmek uğruna bir gece kaçar. Onun yokluğunu farkeden arkadaşları çok sevdikleri dostlarını bulmak için yollara düşer. Şehrin ortasında dolaşan koca koca hayvanların komikliği bir yana, arkadaşlarını bulmayı başarırlar. Hep beraber eve dönmek üzereyken onları hayvanat bahçesine götürecek olan son treni de kaçırırlar. Kötü güçler gene işbaşındadır ve bizim kafadarlar bir şekilde kaçırılır. Atıldıkları bu serüvenin sonunda kendilerini Madagaskar adasında bulurlar. Ama alıştıkları rahat düzenden uzak kalmak ve doğalarının gerektirdiği gerçek yaşantıya uymak onlar için pek de kolay olmayacaktır.
