Jungle Cruise, tıbbın geleceğini değiştirecek olan bir ağacı bulmak için zorlu bir maceraya atılan bir bilim insanı ve kaptanın hikayesini konu ediyor. Bilim insanı olan Lily Houghton, yeni bir görev ile karşı karşıyadır. Efsaneye göre Amazon’da iyileştirme güçlerine sahip olan bir ağaç vardır ve Lily o ağacı bulmaya kararlıdır. Bunun için Amazon ormanlarına seyahat eden Lily, nehirde bulunan bir geçide ulaşabilmek için Frank’in köhne ama çekici teknesi La Quila’yı kiralamak zorunda kalır. Macera dolu bir yolculuğa çıkan Frank ve Lily, yağmur ormanlarının güzelliğinde saklanan bir çok tehlikeyle karşı karşıya kalır.
