Nuh Tepesi, bir yandan babasının isteğini yerine getirmek, diğer yandan da ayrılmak üzere olduğu hamile karısıyla arasını düzeltmek için çabalayan bir adamın hikayesini konu ediyor. Orta yaş krizi ile baş etmeye çalışan Ömer, babasının isteği üzerine onunla birlikte İstanbul’dan memleketleri Bursa’ya doğru yola koyulur. Ömer’in babası, öldüğü zaman köyün tepesinde bulunan, yıllar önce kendisinin diktiğini iddia ettiği bir ağacın altına gömülmek istemektedir. Ömer babasının isteğini kabul etse de, başta muhtar olmak üzere tüm köy halkı bu isteğe şiddetle karşı çıkar. Nuh Peygamber tarafından tarafından dikildiğine inandıkları ağaç, köylü için adeta bir geçim kapısı olmuş, günde onlarca kişi tarafından ziyaret edilir hale gelmiştir. Ömer ve babası, arazinin kendilerine ait olduğunu kanıtlayabilmek için uğraşırken, bürokrasi engeline takılırlar. Köyde geçirdikleri bu zaman, yıllardır birbirlerini görmeyen baba oğulun itiraflar silsilesine dönüşecektir.
