Renkli Penguenler, çökmekte olan buzul tabakasında mahsur kalan penguenleri kurtarmakla görevlendirilen araştırmacıların hikayesini konu ediyor. Nick ve Sammy adlı iki sevimli Troll, galaksiler arası uzay araştırmacısıdır. İkili, kendilerine verilecek ilk görevin heyecanı içerisindedir. Küçük bir penguen, çökmekte olan bir buzul tabakasında mahsur kalmıştır. Küçük penguenleri kurtarmakla görevlendirilen Nick ve Sammy’nin, bunun için Dünya adında uzak bir gezegene gitmesi gerekmektedir. Vakit kaybetmeden yola koyulan araştırmacılar, yol boyuncu Dünya’da yaşayan hayvanlar hakkında yeni şeyler öğrenir. Zamana karşı yarışmak zorunda olan Nick ve Sammy, penguenleri kurtarıp gezegenlerine geri dönmeyi başarabilecek midir?
