Ölümcül Sular, şiddetli bir kasırgaya karşı yaşam savaşı veren genç bir kadının hikayesini konu ediyor. Florida’da 5. Kategorideki bir kasırga ile karşı karşıya kalan genç kadın, bölgedeki diğer sakinler gibi evini terk etme emrini yerine getirmemeye karar verir. Kasırga yaklaşırken botuna atlayıp kayıp olan babasını aramaya çıkar. Bölgeyi sel basmaya başladığında babasını ve köpeğini bulan genç kadın, yaralanmış olan babasını kurtarmaya çalışırken kendisini su altında kalan bir evin içinde bulur. Evin içine hapsolan baba-kız kısa süre sonra korkulması gereken tek şeyin kasırga ve seller olmadığını fark ederler. Azgın suların içinde devasa bir timsah sürüsü dolaşmaktadır. Baba kız, Florida’nın en vahşi ve korkulu avcılarına karşı kendini korumak için savaşmak zorundadırlar...
